Она была выстроена по архитектурному проекту, привезенному из Турции, и выделялась убранством внутренней отделки, являясь одним из самых выразительных мусульманских архитектурных сооружений не только на территории Северной Осетии, но и на всем Северном Кавказе.

Во время Великой Отечественной войны в здание мечети неоднократно попадали снаряды, одна из стен была почти разрушена. Однако в советский период ее не стали восстанавливать. Только с 2004 года постепенно началась ее реставрация, инициаторами которой выступили жители с. Эльхотова. Им помогали люди разных конфессий и национальностей Северной Осетии.

В открытии Эльхотовской мечети принял участие Глава РСО–А В.З. Битаров. Он поздравил жителей Эльхотова с завершением восстановления мечети и ее открытием. Перед собравшимися также выступил муфтий, глава Духовного управления мусульман РСО–А Х.Х. Гацалов.

В торжественном открытии мечети приняла участие председатель Комитета по охране и использованию объектов культурного наследия РСО–А Э.Г. Агаева. Комитет в 2017 г. включил Эльхотовскую мечеть в перечень выявленных объектов культурного наследия как "Мечеть конца XIX в.", поставив ее на государственную охрану.

Восстановленная мечеть является не только образцом культового исламского зодчества конца XIX в., но и символом конфессионального и межнационального единства Северной Осетии.